Группа была образована в 1989 году под названием Marilyn Manson and The Spooky Kids. С тех пор состав коллектива неоднократно менялся. Участники, внесшие наиболее значительный вклад в творчество группы и/или пребывавшие в ней длительное время: Дэйзи Берковитц (Скотт Путески), Твигги Рамирес (Джорди Уайт), Джон 5 (Джон Лоури), Тим Скольд, Джинджер Фиш (Кенни Уилсон), Мадонна Уэйн Гейси (Пого) (Стефен Грегори Биер-мл.).

Названием группы стал псевдоним её вокалиста и бессменного лидера — Мэрилина Мэнсона (Брайан Уорнер). Псевдоним был составлен Уорнером из имени знаменитой американской киноактрисы Мэрилин Монро и фамилии не менее известного маньяка-убийцы Чарльза Мэнсона. Столь необычное соединение, по мысли Уорнера, обладало целым рядом значений, начиная от принципиального утверждения о неизбежности наличия в человеке двух начал (добра и зла) до протеста против того, что «Америка помещает убийц на обложку журнала „Таймс“, делая их столь же знаменитыми, как наших любимых кинозвёзд» (эссе «Колумбина: Чья это вина?»). Все остальные участники группы взяли аналогичные псевдонимы из женских имен и фамилий известных убийц (за исключением Джона 5).

В прокладывании пути группе очень помог Трент Резнор (со своим лейблом «Nothing Records») — бессменный участник группы Nine Inch Nails. Наибольший вклад его деятельности в альбомах «Portrait of an American Family» и «Antichrist Superstar», где он выступил продюсером.